各协同单位任务分工及主要职责如下：
铜陵学院：协同创新中心牵头单位；是协同创新中心的主管单位，负责统筹规划、组织协调和日常管理工作；承担整合研究资源，汇集创新要素；制定并完善中心各种规章制度，推进协同创新中心机制体制改革，营造有利于协同创新的外部环境；建立研究生合作培养制度，创新应用型人才培养新模式。
安徽财经大学：中心协同创新核心单位；协同制定产业转移区域布局发展战略规划，共建合作交流平台、创新激励平台和资源共享平台；合作联合培养研究生，创新应用型人才培养新模式；为皖江地区经济转型发展的研究提供必要的理论指导和数据支撑。
安徽省社会科学院：中心协同创新核心单位；提供皖江经济运行数据支持；开放数据库资料；承担科研协作任务；协助建立皖江经济数据库和资料库，构建学术网络和信息网络。
安徽省发改委皖江办：中心协同创新核心单位；协作制定皖江地区经济发展的战略规划；调查与整合皖江区域特色资源、搭建皖江区域产业集群研究协同创新平台；开展产业转移区域粘性、产业转移区域布局、集群式承接产业转移等专项研究，实现产业转移协同创新的新模式及管理体制的转变。
铜陵有色：中心协同创新核心单位；产学研合作项目的发布；实习实训基地建设；协作修订专业人才培养方案；学科建设协调合作。
中心参与单位分工和主要职责如下：
安徽大学：中心主要参与单位；开放实验室建设；开展专项合作项目研究；加强高级人才培养合作；强化产业技术力量整合与支持；争取更高层次的创新项目和资金支持。
安徽工业大学：中心主要参与单位；创新人才联合培养；皖江地区现代服务业整体规划、商业网点发展布局规划、城市商圈规划和现代物流业规划；联合开展皖江城市群研究。
合肥工业大学：中心主要参与单位；推进产业经济方面的专家资源整合；加强人才培训服务、制定中小企业发展创新环境指标体系；举办皖江地区中小企业创新发展论坛，提高成果转化。
安徽省发展战略研究会：中心主要参与单位；提供省委省政府经济发展政策等方面的信息资料；协同创新中心对外交流；中心体制机制改革规章制度的制定；协调中心与产业界、工业园区的联系。
江南集中区：中心主要参与单位；建立人才实习基地；企业运行和跟踪；皖江经济发展战略评估；皖江区际间协调机制研究。
皖江各地市政府及相关职能部门：中心参与单位；参与调研和数据收集；提供横向研究专题；参与项目合作；参与数据库和专家库建设。